Heinrich Walther joue des oeuvres prises de la littérature des derniers 500 années donc des musique de styles differents.

Le répertoire de l’Angleterre et de la Flandre au tournant du 16ième au 17ième siècle constitue en point essentiel pour l’interprète qui utilise en concert l’orgue, des clavicordes et un virginal flamand d’après Ruckers.

Au centre du répertoire de l’artiste on trouve la plus grande partie des œuvres de J.S.Bach pour orgue ainsi que pour clavier, comme le « Clavier Bientempéré » I et II, les Partitas et l’Art de la Fugue.
De plus Walther joue aussi régulièrement les œuvres pour orgue de Mozart, Mendelssohn, Liszt, Reubke, Brahms, Reger, C.Franck, O.Messiaen et Xavier Darasse.

De temps en temps Walther s’est occupé intensément avec le sujet de la transcription, un genre qui existe en soi depuis le 15ième siècle et qui a souvent enrichi le répertoire pour instruments à clavier.
Sous sa plume sont nées des transcriptions pour orgue, entre autre de la Symphonie de Franck, du Poeme Symphonique « Psyché » de Franck, de la Symphonie dite « Réformation » de Mendelssohn, pour ne citer que quelques-uns que Walther a joué en concert en Europe et en outre-mer.